สหรัฐฯ เริ่มส่งทหารเข้าไปติดตามล่ากลุ่มผู้รับผิดชอบในเหตุการณ์ก่อการร้าย 11 กันยายน 2001 ซึ่งหลบซ่อนตัวอยู่ในอาฟกานิสถานเมื่อราว 10 ปีที่แล้วและขอความร่วมมือจากปากีสถานในเรื่องนี้ และกลุ่มผู้ก่อความไม่สงบต่างๆ ซึ่งรวมทั้งอัลไคด้า กับกลุ่มทาลีบัน ได้หลบหนีการปราบปรามข้ามพรมแดนจากอาฟกานิสถานเข้าไปยังปากีสถาน และเมื่อรัฐบาลปากีสถานให้ความร่วมมือกับสหรัฐฯ กลุ่มติดอาวุธในเขตพื้นที่การปกครองของชนเผ่าต่างๆ ในปากีสถานก็หันมาโจมตีเป้าหมายของรัฐบาลปากีสถานเอง ซึ่งการตอบโต้ปราบปรามของฝ่ายรัฐบาลปากีสถานนั้นได้ละเว้นบางกลุ่ม เช่นกลุ่ม Haqqani ซึ่งเป็นเครือข่ายที่เป็นพันธมิตรกับอัลไคด้าและทาลีบัน เป็นต้น และเรื่องที่ดูจะสร้างผลกระทบกระเทือนต่อความสัมพันธ์ระหว่างสหรัฐฯ กับปากีสถานมากที่สุด คือการที่สหรัฐฯ ส่งหน่วยปฏิบัติการพิเศษเข้าไปสังหารนายโอซาม่า บินลาเดน ที่บ้านพักใกล้กรุงอิสลามาบัดเมื่อต้นปีที่ผ่านมา
นาย Cameron Munster ทูตสหรัฐฯ ประจำปากีสถานให้ความเห็นว่า ประเทศทั้งสองควรต้องยืนหยัดร่วมมือเพื่อต่อสู้กับศัตรูร่วมกันต่อไป เพราะผู้ก่อการร้ายเหล่านี้สร้างปัญหาให้กับปากีสถานโดยที่ปากีสถานไม่ต้องการ ในลักษณะเดียวกับที่สหรัฐฯ ไม่ต้องการเหตุการณ์ก่อการร้ายเมื่อวันที่ 11 กันยายน เช่นกัน
แต่ปฏิบัติการทางทหารของสหรัฐฯ ในอาฟกานิสถานทำให้สหรัฐฯ ต้องเข้าไปเกี่ยวข้องกับปัญหาการเมืองในระดับภูมิภาคอย่างเลี่ยงไม่ได้ และนาง Maleeha Lodhi อดีตทูตปากีสถานประจำกรุงวอชิงตันชี้ว่า สหรัฐฯ ไม่เข้าใจและไม่สามารถแยกแยะความแตกต่าง ระหว่างกลุ่มทาลีบันกับอัลไคด้าในอาฟกานิสถานได้ และเป็นผลให้ปากีสถานรู้สึกว่าสงครามดังกล่าวถูกผลักดันเข้าไปยังบริเวณพรมแดนของตน
ถึงกระนั้นก็ตาม แม้จะมีความกระทบกระทั่งในความสัมพันธ์ระหว่างสหรัฐฯ กับปากีสถาน โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากการโจมตีทางอากาศของสหรัฐฯ ต่อเป้าหมายของกลุ่มผู้ก่อความไม่สงบในเขตแดนของปากีสถาน และจากการสังหารนายโอซาม่า บินลาเดนที่เมืองอับบอตตาบัด ทูตสหรัฐฯ ประจำปากีสถานก็เห็นว่า ทั้งสองประเทศได้ร่วมมือกันในสงครามต่อต้านการก่อการร้ายนี้ตลอด 10 ปีที่ผ่านมา และประสบปัญหาร่วมกัน และถึงแม้จะยังมีปัญหาท้าทายต่างๆ เหลืออยู่อีกมากก็ตาม แต่ความร่วมมือระหว่างประเทศทั้งสองนี้ก็อาจเปรียบได้กับคำอุปมาอุปไมยที่ว่า ชีวิตแต่งงานซึ่งมีปัญหาไม่ราบรื่นนั้น ดีกว่าการหย่าร้างที่น่าชิงชัง
