มีการเปลี่ยนตัวผู้อำนวยการสำนักข่าวกรองแห่งชาติหลังจากตั้งสำนักงานแหน่งนั้นมาได้แค่สองปีเศษๆ สำนักข่าวกรองแห่งชาติตั้งขึ้นมาเพื่อสลายอุปสรรคที่กีดขวางการที่องค์การข่าวกรองต่างๆ ของสหรัฐจะร่วมงานกัน มีผู้วิพากษ์วิจารณ์ว่าเรื่องนั้นเป็นปัจจัยอย่างหนึ่งที่ทำให้ตรวจไม่พบเรื่องที่ผู้ก่อการร้ายสมคบคิดที่จะโจมตีสหรัฐเมื่อปี พศ. 2544
การที่ประธานาธิบดีสหรัฐตัดสินใจแต่งตั้งนายจอห์น เนโกรปอนเต้ ให้เป็นผู้อำนวยการของสำนักข่าวกรองแห่งชาติคนแรก เมื่อเดือนกุมภาพันธ์ ปี พศ. 2548 ยังความประหลาดใจให้แก่คนในวงการ เพราะเขาเป็นนักการทูตอาชีพ ไม่ใช่ผู้เชี่ยวชาญด้านข่าวกรอง
แต่นักวิเคราะห์กล่าวว่าทักษะด้านการทูตเป็นสิ่งที่จำเป็นสำหรับตำแหน่งผู้อำนวยการของสำนักข่าวกรองแห่งชาติผู้ได้รับมอบหมายให้ประสานงานในหมู่องค์การข่าวกรอง16 แห่ง บ่อยครั้งที่องค์การข่าวกรองเหล่านั้นจะหวงอำนาจหน้าที่ขององค์การของตน นักวิเคราะห์คนหนึ่งกล่าวว่างานที่ว่านี้เปรียบเสมือนกับการ “ต้อนฝูงแมว”
คุณเฟรดเบอร์ตัน รองประธานฝ่ายการต้อต้านการก่อการร้ายของบริษัทสแตรตฟอร์ด ซึ่งเป็นบริษัทข่าวกรองเอกชน กล่าวว่านายจอห์น เนโกรปอนเต้ บุกเบิกงานด้านการทำให้องค์การข่าวกรองต่างๆ ร่วมงานกันนั้นไว้ดีทีเดียว เขาคิดว่าจังหวะเวลาและการเมืองในช่วงนั้นเป็นตัวการที่ทำให้มีการตั้งตำแหน่งดังกล่าว เพราะองค์การข่าวกรองสำคัญ 2 แห่งคือ CIA และ FBI ไม่แบ่งปันข่าวสารกัน เขาคิดว่านายจอห์น เนโกรปอนเต้สามารถทำให้องค์การข่าวกรองทั้ง 2 แบ่งปันข่าวสารได้สำเร็จ และระดับความร่วมมือระหว่างองค์การข่าวกรองดีกว่าช่วงไหน การตั้งตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักข่าวแห่งชาติขึ้นมาเป็นการตอบสนองตามข้อแนะนำของคณะกรรมการระดับชาติ ผู้วิเคราะห์เรื่องการที่ผู้ก่อการร้ายโจมตีสหรัฐเมื่อปี พศ. 2544 แต่อดีตรองผู้อำนวยการ CIA จอห์น แมกลอกลิน กล่าวต่อวีโอเอว่า กฏหมายเกี่ยวกับการตั้งตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักข่าวกรองแห่งชาตินับระบุขอบข่ายอำนาจหน้าที่ของตำแหน่งผู้อำนวยการไว้ค่อนข้างคลุมเครือ และด้วยเหตุการณ์นี้นายเนโกรปอนเต้ ซึ่งต้องใช้อำนวจหลายด้านเพื่อสถาปนาเรื่องนั้นให้ชัดเจน ซึ่งเขาทำได้สำเร็จ
ตอนนี้ประธานาธิบดีบุชแต่งตั้งให้เขาไปทำหน้าที่รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงต่างประเทศอเมริกา และแต่งตั้งให้พลเรือเอกนอกราชการไมค์ แมกคอนเนล มือข่าวกรองอาชีพ และอดีตผู้อำนวยการขององค์การความมั่นคงแห่งชาติ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักข่าวกรองแห่งชาติแทน
พลเรือเอกไมค์ แมกคอนเนลกล่าวว่า หลังจากเกษียณอายุราชการแล้ว เขาก็ยังคงเกี่ยวข้องกับงานข่าวกรองอยู่
ทั้งอดีตรองผู้อำนวยการซีไอเอ จอห์นแมกลอกลีน และคุณเฟรด เบอร์ตัน อดีตเจ้าหน้าที่ของซีไอเอต่างกล่าวว่า พลเรือเอกไมค์ แมกคอนเนล เหมาะกับตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักข่าวกรองแห่งชาติมาก เพราะเขาคุ้นเคยกับการทำงานวงในขององค์การข่าวกรองต่างๆ มานาน และยังมีประสบการณ์ในภาคเอกชนด้วย
คุณเฟรด เบอร์ตัน และนักวิเคราะห์คนอื่นๆ กล่าวว่า งานในตำแหน่งผู้อำนวยการของสำนักข่าวกรองแห่งชาติ ยังคงเป็นงานที่ยากงานหนึ่งเพราะถึงแม้ว่าองค์การข่าวกรองต่างๆ ของรัฐบาลอเมริกันจะร่วมงานกันดีขึ้น แต่การที่จะให้องค์การเหล่านั้นแบ่งปันข่าวสารกับองค์การข่าวกรองระดับรัฐ และระดับท้องถิ่น และเจ้าหน้าที่ผู้รักษากฏหมายนั้นยังเป็นเรื่องที่ยังคงยากลำบากอย่างยิ่ง
