รัฐบาลอินโดนีเซียปฏิเสธที่จะเจรจากับทางการปักกิ่ง เรื่องพื้นที่ทางทะเลใกล้เกาะนาทูนา ที่จีนอ้างสิทธิประโยชน์ในบริเวณดังกล่าวด้วยเช่นกัน
การแสดงท่าทีเมินเฉยต่อจีนครั้งนี้ อาจเป็นตัวอย่างให้หลายประเทศร่วมภูมิภาคใช้เป็นเเรงจูงใจในการขัดขืนต่ออำนาจของจีนในบริเวณทะเลจีนใต้ ซึ่งเป็นเเหล่งทรพยากรธรรมชาติที่สำคัญ
อินโดนีเซียมีอำนาจในการต่อรองกับจีน ในฐานะที่เป็นตลาดเศรษฐกิจใหญ่กับประชากร 273 ล้านคน
นักวิเคราะห์ Enrico Cau แห่งสมาคม Taiwan Strategy Research Association กล่าวเพิ่มเติมว่า การที่อินโดนีเซียเป็นประเทศมุสลิมที่สำคัญของโลก ช่วยให้รัฐบาลจาการ์ตา มีเครือข่ายมิตรประเทศที่แน่นแฟ้นและกว้างไกล ไปถึงตะวันออกกลางด้วย
ดังนั้นจึงเป็นการยากที่จีน ซึ่งแม้ว่าจะเป็นมหาอำนาจใหญ่ในเอเชีย ที่จะสามารถกดดันและบังคับให้อินโดนีเซียทำตามใจรัฐบาลปักกิ่ง
นักวิชาการกล่าวว่าการดำเนินนโยบายการทูตของจีนต่ออินโดนีเซียจึงควรใช้ความระมัดระวัง
ครั้งหนึ่งเกิดแรงต้านคนชื้อสายจีนอย่างรุนแรงในอินโดนีเซีย จนบานปลายกลายเป็นการก่อจลาจล เมื่อ 22 ปีก่อน
ในช่วงหลายปีที่ผ่านมา กองทัพอินโดนีเซียเพิ่มศักยภาพทางทหารบริเวณเกาะนาทูนา รวมถึงผืนน้ำซึ่งเป็นพื้นที่ทับซ้อนกับการอ้างกรรมสิทธิ์ของจีน
นักวิเคราะห์ Evan Laksmana แห่ง Centre for Strategic and International Studies ที่กรุงจาการ์ตา กล่าวว่า ในมุมของอินโดนีเซีย การยอมเข้าร่วมเจรจากับจีน เรื่องสิทธิ์เหนือผืนน้ำดังกล่าว อาจถูกอ้างได้ว่า เป็นการยอมรับกลายๆ ว่า จีนสามารถอ้างสิทธิประโยชน์ในบริเวณดังกล่าวได้
เขากล่าวว่า หากมีการทึกทักว่าอินโดนีเซียยอมรับการอ้างสิทธิ์ของจีน นั่นอาจกลายเป็นบรรทัดฐานที่จีนนำไปใช้กับประเทศอื่นที่จีนมีความขัดเเย้งในทะเลจีนใต้ด้วยเช่นกัน
ทั้งนี้ ประเทศอื่นๆ ที่มีความขัดเเย้งกับจีนเรื่องทะเลจีนได้ ประกอบด้วย บรูไน มาเลเซีย ฟิลิปปินส์ ไต้หวัน และเวียดนาม
ศาสตรจารย์ คาร์ล เธเยอร์ แห่งมหาวิทยาลัย New South Wales ที่ออสเตรเลียกล่าวว่า จีนอ้างสิทธิ์เหนือน่านน้ำในทะเลจีนใต้ ส่วนหนึ่งเป็นเพราะ ต้องการขยายแหล่งประมงเพิ่ม ท่ามกลางจำนวนปลาที่น้อยลงตามชายฝั่งของจีนเอง
อาจารย์ เธเยอร์ บอกด้วยว่า นอกจากแหล่งอาหารทะเลเเล้ว จีนยังสนใจทรัพยากรน้ำมันดิบในทะเลแห่งนี้ด้วย
ทางการจาการ์ตา พบว่ามีเรือจีน 60 ลำ ‘รุกล้ำ’ พื้นที่ทั้งหมด 30 แห่งที่เป็นเขตเศรษฐกิจพิเศษ ในดือนธันวาคม ตามข้อมูลของ East Asia Forum นั่นยังไม่รวมถึงการส่งเครื่องบิน F-16 ของจีนพร้อมด้วยเรือรบเข้ามาในพื้นที่ทับซ้อนด้วย
ต่อจากนี้ นักวิเคราะห์ Laksmana กล่าวว่าอินโดนีเซีย น่าจะตีกันอิทธิพลของจีนด้วยการเสริมกำลังของกองทัพเรือ และเดินเกมประท้วงทางการทูตต่อไป หากเป็นเช่นนั้นจีนคงหลีกเลี่ยงที่จะยกระดับความตึงเครียด เพราะเดิมพันนี้อาจนำซึ่งแรงตอบกลับที่สั่นสะเทือนถึงเศรษฐกิจจีนครั้งสำคัญได้
