ขณะที่ปากีสถานยังตกอยู่ในสภาพตกตะลึงกับการลอบสังหาร นางเบนนาเซีย บุตโต ผู้นำฝ่ายค้านแห่งพรรคประชาชนปากีสถาน ตลอดช่วงสุดสัปดาห์ที่ผ่านมาเกิดการถกเถียงกันระหว่างรัฐบาลกับ สมาชิกพรรคพีพีพีถึงสาเหตการเสียชีวิตของนางบุตโต และใครอยู่เบื้องหลัง
กระทรวงมหาดไทยปากีสถานออกมายืนยันว่านางบุตโตเสียชีวิต เพราะศรีษะกระแทกอย่างแรงกับขอบที่กันแสงแดดบนหลังคารถยนตร์ตอนที่นางหลบลูกกระสุนและแรงระเบิดจากมือระเบิดพลีชีพ โดยได้เผยแพร่ภาพถ่ายจากกล้องโทรทัศน์ของผู้นำพรรคพีพีพีกำลังโบกมือแก่ผู้สนับสนุนก่อนวินาทีที่นางจะถูกลอบสังหาร
กระทรวงมหาดไทยปากีสถานนำภาพถ่ายเคลื่อนไหวมาเสนอแก่สื่อมวลชน เพื่อยืนยันข้อสรุปของตนว่านางบุตโตไม่ได้เสียชีวิตจากบาดแผลกระสุนปืนหรือสะเก็ดระเบิดอย่างที่เชื่อกันในตอนแรก ตอนท้ายของภาพถ่ายเคลื่อนไหวนี้ ยังได้ยินเสียงปืนดังขึ้นหลายนัดก่อนจะมีเสียงระเบิดตามมา ก่อนหน้านี้แพทย์ที่พยายามช่วยชีวิตผู้นำพรรคฝ่ายค้านบอกว่า นางบุตโตเสียชีวิตจากบาดแผลฉรรจ์ที่ศรีษะด้านหลังกกหูด้านขวาแต่ไม่สา มารถระบุชัดเจนได้ว่าเกิดจากอะไร เพราะไม่ได้รับอนุญาติจากเจ้าหน้าที่ตำรวจชั้นผู้ใหญ่ในพื้นที่ในการผ่าศพพิสูจน์สาเหตุการตายให้ชัดเจน
นอกจากนี้ นายจาเวด ชีมา โฆษกกระทรวงมหาดไทยยังบอกแก่สื่อมวลชน ในงานแถลงข่าวเมื่อวันเสาร์ ด้วยว่าการลอบสังหารนางบุตโตเป็นฝีมือของพลพรรคทาเลบันที่เกี่ยวข้องกับอัล ไคด้าเพื่อมุ่งบั่นทอนความมั่นคงของปากีสถาน แต่อีกวันให้หลัง กลุ่มที่ถูกทางการกล่าวหานี้ได้ปฏิเสธว่าไม่เกี่ยวข้องกับการตายของผู้นำพรรคฝ่ายค้าน
อย่างไรก็ดีข้อสรุปของกระทรวงมหาดไทยดังกล่าวทำให้สมาชิกพรรคพีพีพีไม่พอใจและกล่าวหาว่าเป็นความพยายามของรัฐบาลในการลดกระแสจากมวลชนที่มองว่าทางการละหลวมในการรัก ษาความปลอดภัยให้แก่ผู้นำฝ่ายค้าน
นางแชรี่ เรมาน โฆษกหญิงของพรรคพีพีพีที่อยู่ในขบวนรถของนางบุตโตตอนเกิดเหตุุกล่าวว่ารัฐบาลกำลังพยายามกลบเกลื่อนความจริงที่ว่าไม่ได้ให้การอารักขาที่ดีพอแก่นางบุตโต
โฆษกหญิงพรรคพีพีพีกล่าวว่าเธอกับสมาชิกพรรคคนอื่นที่อยู่ในเหตุการณ์ ได้หามนางบุตโตไปโรงพยาบาล เสื้อผ้าของทุกคนรวมของเองโชกไปด้วยเลือดของนางบุตโต เพราะบาดแผลกระสุนด้านหลังศรีษะนั้นทะลุออกไปอีกด้าน ทางพรรคพีพีพี บอกว่า นางบุตโตได้ร้องขอไปยังประธานาธิบดีเปเวซ มุชาราฟ หลายครั้งให้เพิ่มการรักษาความปลอดภัยให้นางมากขึ้น ต่อข้อกล่าวหานี้ นายฮาหมิด นาร์วาซ ค่าน รักษาการรัฐมนตรี ว่าการกระทรวงมหาดไทยโต้ว่าทางการได้รับข้อมูลมาว่านางบุตโตจะถูกโจมตีด้วยมือระเบิดพลีชีพภายในวันที่ 31 ธันวาคมและได้แจ้งไปยังทางพรรคการเมืองของนางให้นางบุตโต ระวังตัว รักษาการรัฐมนตรีมหาดไทยปากีสถานพูดกับสื่อมวลชนต่อว่า ถ้านางบุตโต ไม่ลุกขึ้นยืนผ่านช่องหลังคารถและเปิดช่องโหว่แบบนั้น อาจจะไม่เกิดอะไรรุนแรงขึ้นกับเธอก็ได้
