พลเอกสนธิ บุญรัตกลิน หัวหน้าคณะปฏิวัติและประธานคณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติ กล่าวว่า การสืบสวนตามคำกล่าวหาว่ามีการทุจริตคอร์รับชั่นในช่วงการปกครองของอดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณ ชินวัตร ไม่ประสบความสำเร็จในการหาหลักฐานที่หนักแน่นมั่นคงมายืนยันตามคำกล่าวหานั้น ซึ่งการยอมรับเช่นนี้ อาจขัดกับเหตุผลที่หัวหน้าคณะปฏิวัติอ้างไว้ในการก่อรัฐประหาร
ในการให้สัมภาษณ์กับหนังสือพิมพ์ The Nation พลเอกสนธิกล่าวแสดงความหวังว่า อยากจะมีเวลามากขึ้นในการค้นหาหลักฐานการติดสินบนอดีตนายกรัฐมนตรี ทักษิณ ชินวัตร ในขณะเดียวกัน พลเอกสนธิกล่าวแสดงความวิตกกังวลไว้ด้วยว่า ทหารอาจสูญเสียการสนับสนุนจากประชาชน ถ้าเจ้าหน้าที่สืบสวนหาหลักฐานไม่ได้
ได้มีการตั้งหน่วยงานขึ้นมาหลายหน่วยเพื่อสืบสวนข้อกล่าวหาที่ว่าอดีตนายกรัฐมนตรี ทักษิณ ชินวัตรและผู้ร่วมงานกระทำความผิด รวมทั้งการทุจริตคอร์รับชั่นและการใช้อำนาจในทางที่ผิด ซึ่งเป็นข้ออ้างในการโค่นล้มอำนาจอดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณ อาจารย์ฐิตินันท์ พงศ์สุทธิรักษ์ นักรัฐศาสตร์ของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กล่าวว่า ถ้าใช้เวลานานมากในการสืบสวนตามข้อหาเหล่านี้ จะทำให้เหตุผลสำคัญที่อ้างไว้สำหรับการก่อรัฐประหารมีน้ำหนักน้อยลง
อาจารย์ฐิตินันท์ กล่าวว่า กระบวนการยุติธรรมทำงานช้า และต้องใช้เวลา กล่าวได้ว่า ในด้านหนึ่ง พลเอกสนธิพยายามจะบอกว่า คณะกรรมการชุดต่างๆที่กำลังดำเนินการสืบสวนจะต้องมีเวลามากกว่านี้ แต่ในขณะเดียวกัน ถ้าไม่เคลื่อนไหวให้รวดเร็ว ก็จะเป็นการบ่อนทำลายเหตุผลสำคัญอันหนึ่งในการก่อรัฐประหาร
แต่พลเอกสนธิกล่าวว่า การสืบสวนเรื่องทรัพย์สินของอดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณจะต้องดำเนินตามกฎหมาย ในขณะที่ตระหนักดีว่า นานาชาติกำลังจับตาดูการทำงานของรัฐบาลชุดใหม่
นักวิชาการของคณะรัฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กล่าวไว้ด้วยว่า ทางการทหารควรเร่งรัดการสืบสวนตามข้อกล่าวหาที่ว่า ในสมัยนายกรัฐมนตรีทักษิณมีการใช้อำนาจในทางที่ผิด การขัดขวางงานของสถาบันรัฐบาล และการไม่เอาผิดกับผู้ที่กระทำวิสามัญฆาตกรรมต่อผู้ต้องสงสัยว่าเป็นนักค้ายาเสพติด และชาวมุสลิมที่ต้องการแบ่งแยกดินแดน มิฉะนั้นแล้ว จะไม่มีเหตุผลถูกต้องตามกฎหมายที่จะป้องกันไม่ให้อดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณเดินทางกลับเข้าประเทศได้ เวลานี้ อดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณพำนักอยู่ที่กรุงลอนดอน
พลเอกสนธิกล่าวให้ความนัยไว้ในการสัมภาษณ์ไว้ด้วยว่า อดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณ ซึ่งเป็นมหาเศรษฐีผู้หนึ่ง อาจพยายามใช้ทรัพย์สมบัติที่มีในการหาทางกลับเข้ามามีอำนาจอีก หัวหน้าคณะปฏิวัติผู้นี้บอกกับหนังสือพิมพ์ The Nation ว่าจะไม่อนุญาตให้อดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณกลับเข้าประเทศ จนกว่าจะยกเลิกกฎอัยการศึก แต่มิได้บอกไว้ว่า จะเกิดขึ้นได้เมื่อไหร่
อาจารย์ฐิตินันท์ พงศ์สุทธิรักษ์ นักวิชาการของคณะรัฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กล่าวว่า กฎอัยการศึกเป็นเสมือนดาบสองคม และให้ความเห็นว่า จะยกเลิกกฎอัยการศึกเร็วนักก็ไม่ได้ เพราะจะเป็นการเปิดช่องให้ฝ่ายที่สนับสนุนอดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณ ซึ่งยังมีจำนวนมาก ออกมาท้าทายการกระทำรัฐประหาร ในเวลาเดียวกัน ยิ่งใช้กฎอัยการศึกนานเท่าใด ฝ่ายแนวร่วมที่ต่อต้านอดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณก็จะยิ่งมีความท้อแท้ข้องใจมากยิ่งขึ้น นับว่าเป็นปัญหาอย่างมากทีเดียวสำหรับผู้ที่กระทำรัฐประหาร และย้ำว่า กฎอัยการศึกนั้น จะต้องยกเลิก แต่เร็วนักไม่ได้
นักรัฐศาสตร์ผู้นี้ให้ความเห็นไว้ด้วยว่า อดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณซึ่งชนะการเลือกตั้งสองครั้งด้วยคะแนนเสียงท่วมท้น กำลังหาทางที่จะกลับเข้าประเทศ และเสียงสนับสนุนอดีตนายกรัฐมนตรีผู้นี้ยังมีอยู่ในชนบท ถ้าคณะทหารไม่สามารถหาเหตุผลพร้อมด้วยหลักฐานมายืนยันการกระทำรัฐประหารได้ ก็อาจจะมีปัญหาเกิดขึ้นตามมาได้
