เป็นที่เข้าใจกันโดยทั่วไปว่า การแสวงหาแหล่งน้ำมันและแก๊สธรรมชาติในทะเลจีนใต้ เป็นปัจจัยสำคัญที่หลายประเทศในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้อ้างสิทธิ์ทับซ้อนกันในทะเลจีนใต้ และทำให้เกิดปัญหาความขัดแย้งอย่างที่เห็นกันอยู่ในขณะนี้
บริเวณที่คาดว่าเป็นแหล่งน้ำมันและแก๊สธรรมชาติในทะเลจีนใต้ใหญ่ประมาณ 3.5 ล้านตารางกิโลเมตร ครอบคลุมบริเวณตั้งแต่เกาะไต้หวันไปจนถึงสิงคโปร์
และแม้จะมีการขุดเจาะหาทรัพยากรธรรมชาติทั้งสองประเภทมาเป็นเวลา 46 ปีแล้ว แต่ก็ยังไม่มีใครค้นพบแหล่งน้ำมันและแก๊สธรรมชาติที่ใหญ่พอจะเรียกร้องความสนใจได้
นักวิเคราะห์ Fabrizio Bozzato ของมหาวิทยาลัย Tamkang ในได้หวัน บอกว่าจะเปรียบเทียบทะเลจีนใต้กับซาอุดิอาระเบีย อิรัก หรือตะวันออกกลางไม่ได้ เพราะความมุ่งหมายเบื้องต้นของประเทศที่อ้างสิทธิ์ในทะเลจีนใต้ ไม่ใช่ความต้องการเข้าถึงแหล่งน้ำมันและแก๊สธรรมชาติที่นั่น
แต่เหตุผลสำคัญที่สุดคืออธิปไตยของประเทศ
การขุดเจาะหาน้ำมันเป็นการส่งสัญญาณแสดงการควบคุมพื้นที่ส่วนของทะเล ตัวอย่างเช่น เมื่อฟิลิปปินส์พบแหล่งแก๊สนอกฝั่งเกาะ Palawan ในปีค.ศ. 1976 จีนไม่พอใจและถ่วงเวลาการขุดเจาะไว้
อีกตัวอย่างหนึ่ง คือการที่จีนนำแท่นขุดเจาะน้ำมันในทะเลเข้าไปในอ่าวตังเกี๋ยเมื่อสองปีที่แล้ว ก่อให้เกิดกรณีพิพาทกับเวียดนาม รวมทั้งการจลาจลต่อต้านจีนในเวียดนาม และการที่เวียดนามยื่นประท้วงแท่นขุดเจาะน้ำมันดังกล่าวอย่างเป็นทางการในเดือนเมษายนที่ผ่านมา
Carl Baker ผู้อำนวยการโครงการ Pacific Forum ของ CSIS ในรัฐฮาวาย ให้ความเห็นว่า ความหมายโดยนัยของการขุดเจาะน้ำมันและแก๊สในทะเลจีนใต้ คือการยอมยกเลิกการกล่าวอ้างอธิปไตย
นักวิเคราะห์ผู้นี้ให้ความเห็นต่อไปว่า ด้วยเหตุนี้จึงมีความจูงใจน้อยมากสำหรับประเทศเหล่านี้ที่จะออกไปขุดเจาะหาน้ำมันและแก๊สอย่างจริงจัง เพราะเป็นการยากมากที่จะทำความตกลงกับประเทศอื่นๆ ที่กล่าวอ้างสิทธิ์ทับซ้อนกัน
เนื่องจากการทำความตกลงเช่นนั้น เป็นยอมรับสิทธิ์ของผู้อื่นที่จะแสวงประโยชน์จากทรัพยากรเหล่านี้ด้วย
อีกปัญหาหนึ่งคือการที่ราคาน้ำมันลดลงมากในขณะนี้ ในขณะที่ต้นทุนสำหรับการขุดเจาะน้ำมันขึ้นมา จำกัดรายได้จากการส่งออก
Oh Ei Sun อาจารย์สอนวิชาการศึกษาระหว่างประเทศที่มหาวิทยาลัย Nanyang ในสิงคโปร์ บอกว่า มาเลเซียซึ่งค้นพบน้ำมันในทะเลจีนใต้ได้มากกว่าใครเพื่อน ยังไม่กระตือรือร้นที่จะขุดเจาะน้ำมันที่ประมาณว่ามีราวๆ 5 พันล้านบาเรล และแก๊สธรรมชาติอีก 80 ล้านล้านลูกบาศก์ฟุตขึ้นมา เพราะค่าใช้จ่ายสูงมากสำหรับอุปกรณ์และทรัพยากรอื่นๆ ที่ต้องใช้ในการขุดเจาะ
สำนักงานข้อมูลทางด้านพลังงานของสหรัฐประมาณว่า มีน้ำมันอยู่ในทะเลจีนใต้ราวๆ 1.1 พันล้านบาร์เรล และแก๊สธรรมชาติอีก 190 ล้านล้านลูกบาศก์ฟุต เปรียบเทียบกับน้ำมัน 268 พันล้านบาร์เรลในซาอุฯ และ 144 พันล้านบาร์เรลในอิรัก
ส่วนรัสเซียมีแก๊สธรรมชาติอยู่ 5,085 ล้านล้านลูกบาศก์ฟุต ซึ่งนับว่ามากกว่าประเทศใดในโลก
