ขณะที่การก่อการร้ายที่เกี่ยวโยงกับลัทธิเคร่งศาสนา ดูเหมือนจะมีมากขึ้นในหลายส่วนของโลก ตั้งแต่เยเมน ปากีสถาน จนถึงในภาคใต้ของประเทศไทย และหมู่เกาะมินดาเนาของฟิลิปปินส์ แต่ในอินโดนีเซียซึ่งผู้เชี่ยวชาญหวั่นเกรงกันว่า จะเป็นฐานฝึกและส่งพลพรรคของ Al-Qaida ออกไปก่อการที่ต่างๆ นั้น กลับมีการก่อการร้ายลดลงใน 4-5 ปีที่ผ่านมา
การก่อการร้ายด้วยการวางระเบิดที่มีคนเสียชีวิต 9 คนและบาดเจ็บมากกว่า 50 คน กลางกรุงจาการ์ตาในเดือนกรกฏาคม 2552 เป็นสิ่งเตือนว่า ภัยจากการก่อการร้ายที่เกี่ยวโยงกับกลุ่ม Jemaah Islamiyah ที่ทำงานร่วมกับข่าย Al-Qaida ยังคงมีอยู่ อย่างไรก็ตาม เมื่อดูโดยรวมแล้ว การก่อการร้ายในอินโดนีเซียลดลงอย่างมาก
นักวิเคราะห์ด้านการต่อต้านการก่อการร้าย กล่าวว่า ตอนนี้มีพลพรรค Jemaah Islamiyah อยู่ในอินโดนีเซียราว 2,000 คน ในจำนวนประชากร 250 ล้านคน สภาพการณ์ด้านสังคมและการเมืองที่ดีขึ้น ทำให้เป็นเรื่องยากขึ้น ที่ผู้ก่อการร้ายจะหาคนมาเป็นสมัครพรรคพวก
Sidney Jones นักวิเคราะห์ด้านการต่อต้านการก่อการร้ายกล่าวว่า อินโดนีเซียไม่มีรัฐบาลที่กดขี่ ไม่อยู่ใต้การยึดครอง ไม่มีชนกลุ่มน้อยที่ถูกแบ่งแยก ไม่มีเพื่อนบ้านที่มุ่งร้ายเป็นปฏิปักษ์ก่อกวนให้เกิดปัญหา
ในช่วงปลายคริสต์ทศวรรษ 1990 มีการก่อการร้ายมากขึ้น ในอินโดนีเซีย และต่อมาในปี 2544 ทันทีหลังจากการก่อการร้ายในสหรัฐ และการที่กำลังพันธมิตร ที่สหรัฐเป็นแกนนำเข้าไปปฏิบัติการขับไล่ปราบปรามระบอบทาลีบาน ในอัฟกานิสถานนั้น เป็นที่วิตกกันว่า ผู้ก่อการร้ายได้รับความสนับสนุน ขณะที่มีความรู้สึกต่อต้านอเมริกามากขึ้นทั่วโลกมุสลิม
การวางระเบิดที่เกาะบาหลี ซึ่งมีคนเสียชีวิต 202 คน และบาดเจ็บเป็นจำนวนมาก รวมทั้งชาวต่างประเทศในปี 2545 นั้น ทำให้โลกให้ความสนใจปัญหาการก่อการร้ายในอินโดนีเซีย อย่างไรก็ตาม แทนที่จะตอบโต้ด้วยกำลังทางทหาร รัฐบาลอินโดนีเซียใช้มาตรการไม้อ่อน ดำเนินการกับผู้ก่อการร้ายแบบเดียวกับอาชญากร ไม่ใช่ข้าศึกศัตรูที่จับได้จากสนามรบ
อาจารย์วิชาประวัติศาสตร์ ที่มหาวิทยาลัยอิสลามในกรุงจาการ์ตา อัสยุมมาดี อัสรา กล่าวว่า ด้วยการดำเนินคดีในศาลเปืด รัฐบาลสามารถทำให้ประชาชนและองค์กรมุสลิมต่างๆ ที่เคลือบแคลงสงสัย มีความแน่ใจว่า การก่อการร้ายเหล่านั้น เป็นการก่ออาชญากรรมของชาวมุสลิม ต่อชาวมุสลิมด้วยกันเอง ไม่ใช่แผนการของชาติตะวันตก
อาจารย์อัสยุมมาดี อัสรา กล่าวว่า หลังจากที่นำตัวผู้ทำผิดกฏหมาย ในการวางระเบิดที่เกาะบาหลีมาพิจารณาโทษ ก็เป็นที่แจ้งชัดว่า คนเหล่านั้นพยายามก่อการด้วยตนเองไม่ใช่ถูกจัดแจงโดยอำนาจภายนอก และว่านี่เป็นเหตุผลหนึ่ง ของการที่บรรดาองค์กรมุสลิมแนวสายกลางเปลี่ยนท่าที
ส่วนนักวิเคราะห์ Sidney Jones กล่าวว่า มีเสียงวิพากษ์ตำหนิจากภายนอกอินโดนีเซียว่า การพิพากษาลงโทษผู้ก่อการร้ายบางรายในอินโดนีเซียนั้น โอนอ่อนผ่อนปรนมากเกินไป อย่างรายนักบวช Abu Bakar Bashir ผู้นำคนหนึ่งของ กลุ่ม Jemaah Islamiyah ถูกพิพากษาลงโทษจำคุกเพียง 30 เดือน ฐานสมรู้ร่วมคิดก่อการวางระเบิดนั้น และหลังจากต้องโทษเพียงปีกว่า เขาก็เป็นอิสระ นักวิเคราะห์ผู้นี้กล่าวว่า แม้ระบบตุลาการของอินโดนีเซีย จะไม่สมบูรณ์เพรียบพร้อม แต่กระบวนการที่โปร่งใส ช่วยสร้างความเชื่อมั่น และความสนับสนุนของประชาชนได้ Sidney Jones กล่าวว่า มีการเสริมสร้างความเข้มแข็ง ของตัวบทกฏหมายให้สอดคล้องกับวิธีการดำเนินการกับคดีก่อการร้าย
ส่วนอาจารย์อัสยุมมาดี อัสรา กล่าวว่า บรรดากลุ่มมุสลิมต่างๆ ก็มีบทบาทสำคัญในการส่งเสริมความรู้สึกของความเป็นวัฒนธรรมหลากหลาย และความอดทนยอมรับผู้อื่น และป้องกันไม่ให้กลุ่มเคร่งศาสนานอกประเทศ อย่างกลุ่ม Wahabi กับ Salafi เข้ามาตั้งหลักในอินโดนีเซียได้ อาจารย์อัสวากล่าวว่า ใน 2 - 3 ปีมานี้ บรรดา องค์กรมุสลิมแนวสายกลางอย่างกลุ่ม Nahdlatul กับMuhammadiyah หันมาตระหนักว่า พวกตนควรมีความระมัดระวังยิ่งขึ้น และควรให้ความสนใจมากขึ้นแก่การแทรกซึมของกลุ่มมุสลิม ที่โอนเอียงไปในทางกลุ่ม Wahabi กับ Salafi
อย่างไรก็ตาม ความเกี่ยวข้องของประเทศตะวันตกอย่าง สหรัฐ ยังคงมีอยู่เบื้องหลัง ซึ่งส่วนใหญ่เป็นการแลกเปลี่ยนข่าวกรอง และปรับปรุงการฝึกทางทหารในการต่อต้านการก่อการร้าย
ขณะเดียวกัน ภาพลักษณ์ของสหรัฐในอินโดนีเซียดีขึ้น หลังจากที่อินโดนีเซียได้รับความช่วยเหลือจากรัฐบาลสหรัฐและหน่วยงานบรรเทาทุกข์ต่างๆ ของสหรัฐเป็นมูลค่าหลายล้านดอลล่าร์หลังภัยสึนามิในปี 2547 และการเลือกตั้งประธานาธิบดีบารัค โอบามา ซึ่งเมื่อตอนเป็นเด็กเคยอาศัยอยู่ในอินโดนีเซียนั้น ก็เป็นที่ถูกใจชาวอินโดนีเซียจำนวนมากแม้ว่าภัยการก่อการร้ายจะยังคงมีอยู่ แต่อินโดนีเซียควบคุมปัญหานี้ โดยการไม่ประกาศสงครามกับการก่อการร้าย
